Campeonato de Aficionados
Esta competición estaba destinada a aquellos jugadores que no fuesen profesionales. En sus primeros años, constaba de una fase regional y una nacional, en la que participaban los campeones de la primera. Con el paso de los años, acabó creándose una fase provincial previa a la regional. La inscripción de los clubs era libre, siempre que pudiesen juntar una plantilla integrada exclusivamente por jugadores aficionados.

La primera participación del Palencia en esta competición se produjo en la temporada 1939-1940. La primera fase consistió en una liguilla de cuatro equipos, en la que los morados se proclamaron campeones por delante de Cultural Leonesa, Ponferradina y Zamora, sumando cinco victorias y una derrota. Para acceder a la fase nacional, aún era preciso superar una eliminatoria contra el vencedor del grupo asturiano, que resultó ser el Juvencia de Trubia. En el partido de ida, el Palencia falló en ataque y en defensa, y encajó una derrota por 5-0 en Asturias, que no pudo ser remontada en el partido de vuelta, que finalizó con victoria morada por 2-1.

Después de una temporada de ausencia, el nuevo Fábrica Nacional de Palencia volvió a participar en la 1941-1942. La primera fase fue otra vez una liguilla de cuatro equipos, siendo los rivales esta vez el Zamora, el C.D. Leonés y la Gimnástica Burgalesa, que resultó campeón. Los morados acabaron terceros, sumando dos victorias, dos empates y dos derrotas.

Para encontrar al Palencia otra vez en el Campeonato de Aficionados, hay que avanzar diez años, hasta la temporada 1951-1952, justo después del descenso a Regional. En la fase provincial participaron cinco equipos todos ellos de la capital: Palencia, Gimnástica, Deportivo Piel, Avenida de Santander y Castilla. Para ahorrar fechas, la competición se disputó por eliminatorias a doble partido, llegando a la final los morados y el Castilla. En la ida, jugando como locales los castillistas, se registró un empate a dos, que dejó las espadas en todo lo alto para la vuelta, en la que el Palencia se impuso por 3-1. En la fase regional, el rival que correspondió fue el Santoña, que batió en la ida a los morados por 4-0, marcando todos sus goles en una gran primera parte, y sentenció la eliminatoria con un empate a dos en La Balastera, que aún pudo ser peor, ya que el marcador señalaba un 0-2 a falta de media hora. Este fue, además, el último partido oficial del Fábrica Nacional antes de su desaparición.

Un año más tarde, ya fue el Atlético Palencia el que se inscribió en esta competición, en cuya fase provincial participaron también el Rayo y la Gimnástica, de la capital, junto con el Imperio de Osorno, el Baltanás, el Villada y el Saldaña. Nuevamente se jugó esta fase por eliminatorias, quedando exentos los morados en cuartos de final, y se emparejaron con el Saldaña en semifinales. En la ida, jugada en Saldaña, los locales se impusieron por 3-1 gracias a su mayor coraje, registrándose un empate a uno en la vuelta en La Balastera que dejó fuera a los atléticos. En este partido, el árbitro señaló el final del partido en el minuto 81 y, cuando se dio cuenta de su error, llamó a los jugadores que ya estaban en vestuarios, para que saliesen a disputar los nueve minutos que quedaban.

La siguiente presencia morada en esta competición se produjo en la temporada 1966-1967, siendo el participante aquel efímero Palencia C.F. que se fundó en 1966 a partir del equipo del bar El Ruedo y desapareció sólo un año después. La fase provincial se disputó por el sistema de liga y, además de los morados, participaron Otero, Venta de Baños, Villada y Herrera. El Palencia resultó campeón, después de ganar tres partidos, empatar cuatro y perder uno solo, en su visita a Venta de Baños. En la fase regional, correspondió una eliminatoria frente al Hulleras de Sabero leonés, que se llevó una victoria por 0-1 de La Balastera y sentenció en su campo remontando un gol inicial de los morados, para acabar imponiéndose por 2-1. En este partido, los morados acabaron con ocho jugadores por las lesiones de Seve, Justo y Lito.

Dos años después, en la temporada 1968-1969, el recién nacido Palencia C.F. participó en la fase provincial del Campeonato de Aficionados. Los morados acababan de proclamarse campeones de Primera Regional, con lo que accedían a la fase de ascenso que les llevaría a Tercera División unos meses más tarde. El campeonato de Aficionados se celebró una vez más por el sistema de Liga, con la participación de tres equipos de la capital (Castilla, San Antonio y el propio Palencia) y tres de la provincia (Dueñas, Paredes y Venta de Baños).
Aunque la competición se inició con una victoria por 1-4 en Paredes de Nava, la derrota en la segunda por 1-3 ante el San Antonio llevó a Bonifacio Aguayo a retirar al equipo de la competición, no presentándose a jugar contra el Castilla. Sin embargo, la Federación anunció fuertes sanciones en caso de retirada, y los morados se reintegraron al campeonato, con el fin de cubrir el expediente. Aún hubo una incidencia más, ya que tras vencer por 2-5 en Dueñas, el Palencia fue sancionado con la pérdida del partido y dos puntos adicionales, por alineación indebida, que se sumaron a otros tres por la incomparecencia ante el Castilla. Los morados acabaron cuartos, con 7 puntos, frente a los 14 de los castillistas, que se proclamaron campeones. Así se cerró la participación del Palencia en esta competición.