En verano de 1968, cuatro años después de la desaparición del primer Palencia C.F., y ante el descenso a Regional del Castilla, el doctor Aguayo, apoyado por el presidente de la Federación Comarcal, el también médico José Sanz Vinuesa, puso su empeño en resucitar al club morado. Para evitar empezar desde Segunda Regional, ambos entraron en contacto con el presidente del San Fernando O.J.E., con vistas a ocupar su plaza en Primera. Aunque parece ser que el acuerdo se produjo, cuando salió el calendario, el San Fernando no figuraba en la lista de clubs por no haberse inscrito.

Contra reloj, Bonifacio puso sus miras en el Otero C.F. que sí era de la partida. La competición debía empezar el día 15 de Septiembre, y no fue hasta el día 13 del mismo mes cuando Antonio Rodríguez cedió la presidencia del Otero al doctor Aguayo. El día 14, la Federación Oeste autorizó el cambio de nombre del club, que ya figuró siempre como Palencia C.F. y además informó del aplazamiento del primer partido, que debía jugarse en Dueñas, por haber un cable de alta tensión cruzando el terreno de juego. Esto proporcionó una semana de margen para conformar un equipo que, a lo largo de la temporada, se proclamó campeón provincial primero, interprovincial de la fase de León, Burgos y Palencia después y regional, finalmente, al eliminar al Zamora, ascendiendo así a Tercera División.

La temporada 1969-1970, con el debut del nuevo club en Tercera División, estuvo marcada por los altibajos del equipo, con cese de su entrenador Telechea, que sería sustituido por Vaquero, y se saldó finalmente con una agónica permanencia, al ser doce los equipos que descendían, por reestructuración de la categoría. En Mayo se registró un notable suceso, al solicitar la Gimnástica de Torrelavega 250.000 pesetas por perder contra el club morado. Bonifacio Aguayo simuló aceptar las condiciones, y se presentó ante el presidente gimnástico acompañado de un inspector de policía de incógnito. El partido lo ganó el conjunto cántabro, y el presidente morado presentó la denuncia el día siguiente. Después de alegaciones de unos y otros, la Federación, salomónicamente, decidió inhabilitar temporalmente a ambos presidentes, hasta que se resolvió el expediente, sin ninguna conclusión, en el mes de Julio.

En la temporada 1970-1971, se produjo un amago de dimisión en pleno de la directiva, incluido el doctor Aguayo, por los insultos recibidos de parte de la afición en el partido anterior. Se celebró una Asamblea de socios, con la presencia de 600 personas, en la que los asistentes convencieron a presidente y directivos de que retirasen su dimisión, ya que eran más los que les apoyaban que los que les insultaban. La temporada se saldó con la presencia del Palencia en la promoción de ascenso a Segunda ante el Oviedo, en la que quedó eliminado por dicho club.

La temporada 1971-1972 estuvo marcada por la brillante participación en la Copa, frente al fracaso en la Liga, y por el traspaso de Ferrero al Logroñés. El 30 de Junio de 1972 se celebra Asamblea de socios para elección de Junta Directiva, en la que es reelegido como presidente Bonifacio Aguayo.

De las temporadas siguientes, 1972-1973 a 1974-1975, lo más destacable fue la inhabilitación por cuatro meses del presidente, a partir del 31 de Diciembre de 1972, por los incidentes ocurridos ese día en el partido contra el Ensidesa, con escándalo arbitral incluido. Poco a poco, el déficit iba aumentando, y así en Noviembre de 1974 se aprobó una aportación extra de los socios y un incremento en el precio de las entradas. Al mismo tiempo, el club empezó a traspasar a sus jugadores más notables, para aliviar su nómina y conseguir unos ingresos extra con sus traspasos. El 2 de Enero de 1975, el doctor Aguayo anunció el cese de toda su directiva, por no acudir a una reunión previamente convocada. Tras un plante de los jugadores el 27 de Febrero, el día 6 de Marzo, el presidente anuncia su decisión de no seguir la próxima temporada. El 7 de Junio, la Asamblea acepta la dimisión de Bonifacio Aguayo, nombrando una comisión para nombrar nuevo presidente, cargo que recaerá finalmente en otro médico, el doctor Eradio Alonso del Campo, el día 4 de Agosto. La transferencia de poderes no fue muy cordial, produciéndose el intercambio de varias notas de prensa entre la nueva directiva y el ex-presidente, a cuenta de las cantidades cobradas por el traspaso de Meneses.

Transcurrieron dos años hasta que Eradio Alonso presentó su dimisión el 22 de Junio de 1977, con el club morado recién ascendido a la nueva Segunda B. El 7 de Julio, Bonifacio Aguayo manifestó su intención de presentar candidatura a la presidencia. Llegada la fecha límite del 15 de Julio, el doctor Aguayo es nombrado presidente del Palencia C.F., al ser la suya la única candidatura presentada. El objetivo, anunció, era consolidar al club en la nueva categoría en su primera temporada, y ascender a Segunda en la siguiente. Para ello, en Asamblea celebrada el 26 de Julio, solicitó a los socios aumentar sus cuotas entre un 20 y un 25 por ciento, consiguiendo el apoyo mayoritario de los mismos. La primera temporada resultó decepcionante, con cambio de entrenador, numerosos fichajes a lo largo de la temporada y un flojo rendimiento de la plantilla, que fue sancionada por ello en el mes de Abril. La temporada siguiente tampoco empezó bien, lo que provocó sanciones a jugadores, llegando incluso a apartar de la plantilla a Lorenzo y Teixidó durante unas semanas en Octubre.

Pero los fichajes de Díez y Bonet sirvieron de revulsivo y acabaron dejando al Palencia en Segunda División A, a costa, eso sí de incrementar el déficit que, en sólo un año, pasó de 9 a 25 millones de pesetas. Empezó la temporada 1979-1980 y, en el mes de Octubre, se produjo la curiosa circunstancia de que varios directivos se comprometieron a donar 15 millones de pesetas al club, a cambio de que Bonifacio Aguayo dejase la presidencia. Este aceptó la condición, abandonando por segunda vez la presidencia de la nave morada el día 16 de Octubre de 1979, siendo sustituido por el vicepresidente Leandro Palacios.

Pero no fue esta la última vez que el doctor Aguayo estuvo ligado a la directiva del Palencia. En Abril de 1985, ante los graves problemas económicos, la afición pidió su vuelta a la presidencia. Se convocaron elecciones para el 22 de Junio, pero cuando llegó el final del plazo para presentación de candidaturas no había ninguna. Como el presidente Carlos Herrero había dimitido, el día 28 se constituyó una Comisión Gestora, al frente de la cual se colocó Bonifacio Aguayo, que tomó las riendas en cuanto a fichajes se refiere y, a pesar del fuerte déficit, puso su empeño en hacer una plantilla para intentar retornar a Segunda División A. El mandatario morado confiaba en unas presuntas ayudas federativas que, finalmente, no llegaron. El 22 de Octubre se informó en Asamblea a los socios de la difícil situación, aprobándose un suplemento en los precios de los carnets y un incremento en los precios de las entradas. Se solicitó además a los jugadores que embargasen las taquillas, para que así cobrasen sus salarios, anticipándose a otros posibles embargos. Sin embargo, los impagos se produjeron y, a partir de Diciembre, empezaron a causar baja algunos jugadores, mientras otros aceptaron quedarse revisando sus contratos a la baja. A partir de esta fecha, el doctor Aguayo no volvió a aparecer en público, hasta que el 15 de Abril informó de que antes de Navidades había sido expulsado de la Gestora por sus compañeros, siendo César Martínez Fraile el actual presidente de la misma. La respuesta de este no se hizo esperar, confirmando la ausencia de Bonifacio Aguayo desde Diciembre, pero por haber abandonado la Gestora voluntariamente.

Se puso fin de este modo un tanto oscuro a la presencia del doctor Aguayo al frente del club que él mismo había creado y que, unos meses después, acabaría desapareciendo. A lo largo de su dilatada gestión, nunca reparó en gastos, aunque fuese a costa de incrementar el déficit. Consiguió llevar al club a Segunda División, aunque su directiva le impidiese disfrutarlo y, cuando al final se quiso erigir en su salvador, acabó dejándolo en una difícil situación que, finalmente, significaría su fin.