En la temporada de su debut, Mariano García le fue dando entrada en el equipo de forma paulatina, llegando a participar en doce encuentros de Liga y dos de Copa, pero sólo en tres de ellos llegó a jugar más de un cuarto de hora.

Con la llegada de Aparicio al banquillo morado en el verano de 1988, el Pirata vivió sus peores momentos. Al empezar la pretemporada, el nuevo técnico anunció que podría dar la baja a Alfredo Merino, Fernando y Pedro Alberto. El día 1 de Agosto, efectivamente, concede vacaciones a los dos primeros, para que busquen equipo si así lo desean. El 23 de Agosto, Alfredo Merino anuncia que se va al Venta de Baños, mientras Fernando comunica que se queda en el club morado, aun sabiendo que va a tener pocas oportunidades. Efectivamente, el bravo jugador participa únicamente en siete partidos oficiales, ninguno de ellos completo.

En la temporada 1989-1990, otra vez con Mariano García en el banquillo, se produjo una circunstancia crucial en la carrera del bravo jugador morado: primero en algunos amistosos, y luego en partidos oficiales, Mariano probó a colocar a Fernando en la defensa, como lateral derecho, en lugar de hacerlo como interior o delantero. Los experimentos resultaron exitosos y afianzaron al Pirata en la alineación morada, participando activamente en el ascenso a Segunda B.

Las dos siguientes temporadas, en Segunda B y con Mariano García en el banquillo, consolidaron a Fernando en el lateral derecho, sumando 23 y 42 partidos oficiales, a pesar de la competencia del “Aguilucho” Alonso, que había retornado al club morado.

En verano de 1992 llegó Lalo al banquillo morado, pero eso no modificó en absoluto la ya indiscutible titularidad del Pirata. Sin embargo, el 17 de Febrero de 1993 se hubo de incorporar a filas para cumplir el Servicio Militar en Baleares, causando baja temporalmente en el club por este motivo. De las 24 jornadas disputadas hasta entonces, había participado en 21, en todas ellas los 90 minutos. Dejó al Palencia líder con 32 puntos y perdió la oportunidad de haber participado en la fase de ascenso a Segunda, aunque su ausencia sirvió para dar la oportunidad de participar más a un joven jugador llamado Santi Villahoz.

Cuando Fernando volvió de Baleares en Noviembre de 1993 se encontró con un panorama radicalmente distinto del que había dejado unos meses antes: en la jornada 15, el Palencia estaba situado en el puesto 15, con sólo un punto de ventaja sobre el descenso. En las 23 jornadas restantes, el Pirata llegó a jugar 17 partidos, marcando un gol crucial en la penúltima jornada, ante el Tudelano, que permitió lograr la permanencia una semana después al vencer por 0-4 al Touring.

La llegada de Tejedor en 1994 no modificó para nada la situación de Fernando, que sumó otros 39 partidos ese año jugando en el lateral derecho. Cuando en Mayo de 1995 se produce la “limpieza” del vestuario por parte de los hermanos Collantes, el Pirata queda al margen y renueva para la siguiente temporada, en la que será titular indiscutible una vez más, sumando otros 37 partidos, inicialmente en su tradicional derecho, y al final como central, tras la llegada de Alfredo Merino al banquillo morado.

El descenso a Tercera en 1996 significó una profunda renovación de la plantilla, que, salvo la excepción del guardameta Bilbao, quedó integrada exclusivamente por jugadores palentinos. Entre ellos, una vez más, figura Fernando, ahora ya como defensa central y nuevamente como titular indiscutible, sumando 36 partidos más, los seis últimos en la fase de ascenso que culminó con la derrota de Mieres que obligó a los morados a seguir un año más en Tercera. El año siguiente, otra vez como central, sumó otros 37 partidos, participando nuevamente en la fase de ascenso, aunque una luxación en el codo en el partido contra el Siero le impidió jugar las tres últimas jornadas, en las que el Palencia perdió nuevamente el ascenso.

En 1998 volvió Mariano García al banquillo morado, reforzando considerablemente la plantilla, en la que estuvo por última vez el bravo defensa morado, esta vez alternando puesto en el centro de la defensa con su anterior demarcación en el lateral derecho. Hasta la quinta jornada no pudo jugar Fernando, convaleciente de la lesión de la temporada anterior, a pesar de lo cual llegó a participar en 29 partidos más. Cuando aún faltaban tres jornadas para acabar la Liga, y ante la rocambolesca situación vivida en el vestuario morado con el presidente “Pitu” Crespo, el Pirata decidió retirarse del fútbol en activo, renunciando a su salario del último mes. Como en tantos otros casos, doce temporadas de entrega al club no le impidieron tener que irse por la puerta de atrás.

	Temporadas	Partidos Jugados	Goles Marcados
Segunda B	6	170	2
Ascenso a 2ªB	2	9	0
Tercera División	6	142	4
Copa	5	12	1
Copa Federación	1	2	0
TOTAL	12	335	7

Primer Partido Oficial	9-Octubre-1987: R. Lermeño C.F. 0 – 2 C.D. Cristo Olímpico (Copa del Rey)
Primer gol oficial	17-Enero-1988: C.D. Cristo Olímpico 2 – 0 C.D. Velilla (Tercera División)
Último partido oficial	2-Mayo-1999: C.F. Palencia 2 – 1 S.D. Hullera (Tercera División)
Último gol oficial	27-Septiembre-1998: C.F. Palencia 3 – 1 La Bañeza F.C. (Tercera División)
Entrenadores	Mariano García, Aparicio, Lalo, Tejedor, Manzanedo, Collantes, Toño Marcos, Guti y Alfredo Merino