En verano de 1986 se produjo la desaparición del primer equipo morado, y Mariano García, continuó como entrenador del Cristo Olímpico, que pasó a ser el primer equipo de la ciudad. Con una plantilla similar a la del año anterior, con algunos retoques como Mario Cano, el objetivo inicial era hacer una temporada decorosa y acabar lo más arriba posible.
Los inicios no fueron buenos y el equipo se instaló en una zona de nadie, sin acabar de convencer a los aficionados, pero en el mes de Noviembre, el técnico palentino convenció al ex-jugador del Palencia C.F. Uco, que se había retirado del fútbol en verano, para que volviera a enfundarse la camiseta morada. La mejoría no se hizo esperar y, tras una gran segunda vuelta, el Cristo Olímpico alcanzó una sexta plaza que se dio por buena.

La temporada 1987-1988 debía ser la del despegue del conjunto palentino, recuperando en la medida de lo posible a la afición y buscando el ascenso a la recién ampliada Segunda B. Mariano García apostó por la continuidad, compensando la baja de Luis Sierra, fichado por el Sporting, con la incorporación de jugadores procedentes de la cantera, como Fernando o Fran, así como un chico procedente del Santurce, hijo de palentinos, de nombre Pedro Alberto.
Los primeros meses de competición fueron inmejorables, con un Cristo Olímpico líder sólido, sin perder hasta la jornada 17. Pero ahí se inició un bache, que se intentó compensar con las cesiones del burgalés Castresana y el vallisoletano Peña. La situación no mejoró y en Marzo de 1988 se llegó a rumorear sobre la posible destitución del técnico morado, que finalmente no se produjo.
El 30 de Mayo, tras la derrota morada en Bembibre por 4-2 que descartaba cualquier posibilidad de ascenso, el presidente, Juan Abad, anunció que Mariano no continuaría la temporada siguiente, siendo reemplazado por Jesús Aparicio.

La ausencia de Mariano García duró un solo año, en el que dirigió a la Arandina. Su vuelta en verano de 1989, de la mano del nuevo presidente, Donato Fernández, vino acompañada del retorno de varios jugadores que causaron baja el año anterior, a los que se unió el fichaje “estrella” del delantero Molinero. El objetivo inexcusable era el ascenso a Tercera División, pero el inicio de la competición no fue bueno, llegando al esperpento de un amago de sanción a jugadores y técnico por parte de la directiva. Pero en Noviembre se venció al líder, Valladolid Promesas, en La Balastera, y el equipo se conjuró para conseguir la remontada.

Fueron pasando las jornadas y el Palencia, con la incorporación de los juveniles José Luis y Valentín, fue recortando poco a poco la diferencia hasta llegar al histórico partido de Zorrilla, en el que se impuso por 1-2. El final de temporada fue apoteósico, consiguiéndose el ascenso en la última jornada tras ganar por 0-2 al Endesa de Ponferrada. Unos días después, Mariano García consiguió el título de entrenador nacional, que le permitiría seguir entrenando al club morado la temporada siguiente en Segunda B.

Para conseguir el objetivo de la permanencia, Mariano apostó otra vez por la continuidad, con mínimos fichajes, entre los que destacó el del portero Juan Carlos. Contra todo pronóstico, el Palencia realizó una temporada muy regular, codeándose en todo momento con los primeros y manteniendo aspiraciones de jugar la liguilla de ascenso a Segunda hasta muy cerca del final.

La temporada 1991-1992 sería muy distinta. El equipo acusó por un lado las bajas de Pedro Alberto, fichado por el Oviedo, y José Luis Cantero, que se fue al Zaragoza pocos días antes de empezar la Liga, por otro, la participación en la Copa del Rey, con una eliminatoria ante el Betis, y por otro, el tener que jugar los primeros partidos como local en Venta de Baños, por la resiembra de La Balastera.

La primera victoria no llegó hasta la décima jornada y el Palencia no consiguió salir de los puestos de descenso hasta la decimotercera. Después de pasar toda la temporada en la zona medio baja, se logró la permanencia empatando en Lalín dos semanas antes del final. En esta temporada, junto a refuerzos que no dieron el nivel deseado, como Carlos Varas o el fichaje estrella, el leonés Francisco, se produjo el retorno de Olea y la definitiva incorporación del entonces juvenil Juanjo. Llegado el mes de Abril, Mariano García comunicó que había aprobado unas oposiciones a Correos, y tendrá que dejar el club morado, por haber sido destinado fuera de Palencia.

En varias ocasiones distintos presidentes morados negociaron con Mariano García la posibilidad de su retorno (Estilito en 1994 o Rafael Peinador en 1996), pero fue finalmente “Pitu” Crespo quien consiguió su fichaje en verano de 1998. El Palencia había descendido en 1996 a Tercera División y, tras dos intentos fallidos de recuperar la categoría, confiaba en Mariano para conseguirlo a la tercera. Después del fracaso de la temporada anterior con el clan de jugadores de Valladolid, se apostó por recuperar a gente de la casa, como Bilbao, García, Tovar, Fernando Cano o Florencio Peña, junto a algunos fichajes de menor prestigio como Cuque o Álex. Con una plantilla de auténtico lujo, una derrota inicial en La Balastera ante la Gimnástica Segoviana encendió las alarmas, y condujo al fichaje contra reloj de Pedro Arquero, con una cláusula especial por goles marcados. El equipo se fue recuperando a lo largo de la primera vuelta, instalándose en las posiciones de privilegio, pero nada más empezar la segunda, empezó a dar muestras de flaqueza, cediendo posiciones poco a poco, hasta caer de la zona noble y perder contacto poco a poco con los equipos que la ocupaban. El 25 de Abril se perdió por 2-1 en Benavente, y esto desató la caja de los truenos. El día 27, Mariano García renunció a su puesto, tras hablar con el presidente, perdonando además las nóminas correspondientes a Mayo y Junio, y se libró de participar en la bronca entre presidente y jugadores que sucedió ese mismo día.

Después de dos épocas brillantes en el Palencia, Mariano se tuvo que ir en silencio y por la puerta de atrás después del fracaso de la tercera. Atrás quedaron seis temporadas, 231 partidos de Liga (76 en Segunda B) y 12 de Copa. La constante de todos los años fue la incorporación de jugadores procedentes de una cantera que conocía como nadie, unida al fichaje puntual de determinados refuerzos que apuntalaron la plantilla, unas veces con más éxito que otras.